9月14日，廣東省教育廳與深圳市政府在廣州簽署《共建南方科技大學協議》，副省長陳云賢、省教育廳廳長羅偉其、省科技廳廳長黃寧生、深圳市副市長劉慶生、南方科技大學黨委書記李銘、校長陳十一出席協議簽署儀式。南科大成為首批廣東省高水平理工科大學共建院校，深圳市將南科大建設高水平理工科大學作為深圳市委市政府的重點工作，支持南科大高層次人才引進，建設研究生聯合培養基地等。

廣東省高水平理工科大學建設是省委省政府實施創新驅動發展戰略，是推動全省產業轉型升級和經濟社會發展的重要舉措。此次，南方科技大學與省內其他三所理工類院校成為首批共建院校。按照協議，深圳市將南科大建設高水平理工科大學作為深圳市委市政府的重點工作，列入深圳市人口與社會事業“十三”五規劃。此外深圳市還將在推動形成多方協同創新發展格局，支持南科大高層次人才引進，建設研究生聯合培養基地等方面給予重點支持。

省教育廳及省直有關單位在支持南科大搭建重大科技創新平臺，高層次人才及團隊引進，發展學位與研究生教育，深化招生制度改革等給予重點支持。此外，南科大將列入省高校綜合改革試點單位，在內部管理體制機制、人事管理制度方面先行先試。